В соответствии с действующим Уставом вуза общее руководство института осуществляет выборный представительный орган — Ученый Совет института.

Ученый Совет института принимает решения по всем вопросам организации учебной и научно-исследовательской работы и по основным вопросам финансово-хозяйственной деятельности и международных связей, ежегодно заслушивает отчет ректора о его работе, утверждает структуру института, решает вопросы создания, переименования и упразднения факультетов, отделений, кафедр, лабораторий и других учебных и научных подразделений, назначает дату и утверждает процедуру проведения выборов ректора института, порядок выдвижения кандидатур и требования к ним, устанавливает процедуру избрания и избирает деканов факультетов, директоров отделений и заведующих кафедрами, проводит конкурсный отбор претендентов по заключению трудовых договоров с профессорами кафедр, проводит экспертизу, связанную с присвоением в установленном порядке ученых званий профессора и доцента, представляет преподавателей и сотрудников к правительственным наградам и почетным званиям за большой вклад в подготовку специалистов, крупные научные достижения.

Ученый Совет института насчитывает 86 человек. В состав Ученого Совета входят без избрания на Конференции научно-педагогических и представителей других категорий работников и обучающихся института ректор, который является его председателем, президент института и проректоры, а также по решению Ученого Совета института- деканы факультетов. Другие члены Ученого Совета избираются  Конференцией научно-педагогических и представителей других категорий работников и обучающихся путем тайного голосования. Нормы представительства в Ученом Совете от структурных подразделений и обучающихся определяются действующим Ученым Советом института.

В настоящее время среди членов Ученого Совета института: член корреспондент Российской Академии наук, 3 заслуженных деятеля науки и техники Российской Федерации, 6 заслуженных деятеля науки Российской Федерации, 6 заслуженных работника высшей школы Российской Федерации.

Срок полномочий Ученого Совета — 5 лет.